Les moins de 16 ans inter-région du FC Nantes sont entraînés par Damien Bonnin.

Septembre 2009
Dimanche 13 : FC Nantes 11-0 Fontenay Vendée (1er)
Samedi 19 : Cholet 2-3 FC Nantes (1er)
Dimanche 27 : FC Nantes 3-1 Vertou (1er)

Octobre 2009
Samedi 3 : Carquefou 1-4 FC Nantes (1er)
Samedi 10 : Sablé 1-4 FC Nantes (1er)
Samedi 17 : FC Nantes 1-2 Le Mans (1er)

Novembre 2009
Dimanche 8 : FC Nantes 4-2 La Roche Vendée (1er)
Dimanche 22 : FC Nantes 5-4 Coulaines JS (1er)
Samedi 28 : Laval Stade 1-5 FC Nantes (1er)

Décembre 2009
Samedi 12 : Orvault Sports 0-2 FC Nantes

Janvier 2010
Dimanche 24 : FC Nantes 6-0 Cholet
Samedi 30 : Vertou 1-4 FC Nantes (1er)

Février 2010
Samedi 6 : FC Nantes 4-5 Sablé (1er)
Vendredi 26 : FC Nantes 1-0 Angers (1er)

Mars 2010
Samedi 6 : Le Mans 1-3 FC Nantes (1er)
Samedi 13 : FC Nantes - Carquefou
Samedi 27 : La Roche Vendée - FC Nantes

Avril 2010
Samedi 24 : FC Nantes - Laval Stade

Mai 2010
Samedi 1er : Coulaines JS - FC Nantes
Dimanche 9 : Angers - FC Nantes
Samedi 15 : FC Nantes - Orvault Sports
Samedi 29 : Fontenay Vendée - FC Nantes